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No conozco el paquete boots pero te puedo decir lo siguiente:

• w parece representar un vector de pesos o ponderaciones.
• R trabaja con objetos, de forma que en ratio <- function(d, w) sum(d$x * w)/sum(d$u * w) se está definiendo una función con dos argumentos d y w, d a su vez es un objeto y d$x representa una parte de ese objeto llamada x (¿las observaciones tal vez?)
• En la llamada a boot estás especificando el tipo de estimación city.boot <- boot(city, ratio, R = 999, stype = "w",sim = "ordinary") así stype="w" probablemente significa estimación ponderada, en tu caso tendrás que adaptar los argumentos.

Una vez cargado el paquete boots puedes pedir ayuda sobre la forma de usar la función boot, por ejemplo con la instrucción: ?boot

Si quieres trabajar con R sería muy recomendable que conocieras un poco del funcionamiento general de éste. Te recomiendo que mires algunos de los manuales introductorios que se recogen en el apartado de documentación en https://knuth.uca.es/R

Saludos y Feliz Año Nuevo