Buenas:
Sigo pensando que no es una cuestión de permisos. Creo que se trata de algún paquete que tienes instalado en tu carpeta de usuario y que R está cargando.
Prueba a ejecutar R --vanilla sin permisos de administración y comprueba si sigue habiendo esa diferencia. Si ahora no hay diferencia busca los paquetes que tengas instalados en modo usuario y borra los que no necesites.
Salvo casos muy especiales, mi opinión es que todos los paquetes deben instalarse en modo administrador, esto es un poco más incómodos, pero evita problemas como éste.
Un saludo.