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¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Jesús Molina -
Número de respuestas: 15

Hola:

Tengo instalado Linux Mint 17.3. He instalado el paquete r-uca . Al abrir R Commander, sale ventana de error con el texto:

"Faltan los siguientes paquetes que necesita Rcmdr:

sem

Sin estos paquetes algunas funciones no estarán disponibles. ¿Instalar estos paquetes?

Pulso "Sí" y a continuación, le indico que instale paquetes desde CRAN y desde el mirror de Madrid. Se abre correctamente R commander pero no instala el paquete sem pues en el terminal salen estos mensajes:

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Aviso: dependencies ‘arm’, ‘plyr’ are not available
also installing the dependencies ‘scales’, ‘mi’, ‘DiagrammeR’

probando la URL 'http://cran.rediris.es/src/contrib/scales_0.3.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 57030 bytes (55 Kb)
URL abierta
==================================================
downloaded 55 Kb

probando la URL 'http://cran.rediris.es/src/contrib/mi_1.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 793313 bytes (774 Kb)
URL abierta
==================================================
downloaded 774 Kb

probando la URL 'http://cran.rediris.es/src/contrib/DiagrammeR_0.8.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3532835 bytes (3.4 Mb)
URL abierta
==================================================
downloaded 3.4 Mb

probando la URL 'http://cran.rediris.es/src/contrib/sem_3.1-6.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 156194 bytes (152 Kb)
URL abierta
==================================================
downloaded 152 Kb

ERROR: dependency ‘plyr’ is not available for package ‘scales’
* removing ‘/home/jesus/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/scales’
ERROR: dependency ‘arm’ is not available for package ‘mi’
* removing ‘/home/jesus/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/mi’
ERROR: dependency ‘scales’ is not available for package ‘DiagrammeR’
* removing ‘/home/jesus/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/DiagrammeR’
ERROR: dependencies ‘mi’, ‘DiagrammeR’ are not available for package ‘sem’
* removing ‘/home/jesus/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/sem’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpcbAYn5/downloaded_packages’
Loading required package: car
Loading required package: stats
Loading required package: graphics

¿Tiene solución?

Un saludo.

En respuesta a Jesús Molina

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Manuel Muñoz Márquez -

Buenas Jesús:

El paquete r-uca para ubuntu lleva algún tiempo sin mantenimiento. Te sugiero que te dirijas a https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ y siguiendo las instrucciones que hay allí incluyas los repositorios de R e instales el paquete r-cran-rcmdr desde allí.

Un saludo.

En respuesta a Manuel Muñoz Márquez

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Jesús Molina -

Gracias, Manuel:

Siguiendo las instrucciones ahorma me dice que faltan:

XLConnect, rmarkdown, markdown y knitr


Un saludo

En respuesta a Jesús Molina

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Manuel Muñoz Márquez -
Buenas:

Ahora tienes varias opciones, si el ordenador lo utiliza una sola persona y no tienes previsto instalar ningún servicio basado en R, puedes contestarle que sí a Rcmdr cuando te pregunta y él descargará e instalará los paquetes.

Si quieres instalar los paquetes a nivel de sistema en una consola introduce la instrucción:
sudo R --vanilla

ya dentro de R
install.packages('XLConnect')
install.packages('rmarkdown')

Un saludo.
En respuesta a Manuel Muñoz Márquez

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Jesús Molina -

Gracias por contestar Manuel: 

TODO RESUELTO: NO DA NINGÚN ERROR AL EJECUTAR R COMMANDER DESDE SU LANZAROR.

Me he dado cuenta que Linux Mint 17.3 se basa en Ubuntu 14.04 LTS trusty y en los repositorios la r-uca no está la versión para trusty 14.04 está

    1. “deb https://knuth.uca.es/r-uca-u raring main” para ubuntu raring (ubuntu 13.04)

    2. “deb https://knuth.uca.es/r-uca-u oneiric main” para ubuntu oneiric (ubuntu 11.04)

Creo que todo debería unificarse en abril cuando salga Ubuntu 16.04 LTS. Habrá que esperar.

Desinstalé todo y empecé de nuevo. Antes de añadir al repositorio la dirección de la uca hice lo siguiente:

  1.  Add the R repository to Ubuntu (see http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/).

  2.  Install base R and the R dev package: sudo apt-get install r-base r-base-dev

  3. Start R from the Ubuntu command line as root so you can install packages system-wide: sudo R

  4. From the R command prompt, install Rcmdr:  install.packages("Rcmdr")

Los paquetes que faltaban se instalaron al arrancar R commander o con la opción install.packages('[nombre paquete}') seleccionando la url del cran MIRROR.

Despúes añadi la url de la uca e instalé el paquete r-uca.

El paquete "XLConnect"no se instalaba pues faltaba por instalar r-cran-rjava desde Synaptic. Despúes, funcionó la instalación install.packages('XLConnect')

Un millón de gracias.

Un saludo.

Jesús Molina
@CoordTIC_IESMM





En respuesta a Jesús Molina

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Manuel Muñoz Márquez -

Buenas Jesús:

Muchas gracias por tu resumen, seguro que es de utilidad a otras personas.

Tendré en cuenta tu observación sobre Linux Mint y haremos lo posible por sacar una versión del paquete para la 16.04. Si la hacemos, ¿te animarías a probarla?

Por tu firma veo que te dedicas a la docencia, me permito la libertad de recomendarte nuestro libro libre "Estadística básica con R y R-Commander". Está planteado como un libro de prácticas para la iniciación en estadística, en principio para estudiantes universitarios de primer curso, pero creo que es aprovechable para otros niveles.

Un saludo.


En respuesta a Manuel Muñoz Márquez

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Jesús Molina -

Hola Manuel:

Creo que no habrá problemas para que pruebe la nueva versión para Ubuntu 16.04 LTS.

Gracias por la recomendación. Echaré un vistazo al libro.

Un saludo.

En respuesta a Jesús Molina

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Manuel Nevado Santos -

Yo he instalado R y RCommander en Ubuntu 16.04. Tras activar los repositorios para Xenius, he instalado sucesivamente los paquetes r-base, r-base-dev, r-recommended, r-cran-rcmdr, r-cran-rodbc, r-cran-rgl y r-cran-rjava.

Cuando entro en Rcommader, tanto como usuario como sudo R --vanilla, me pide la instalación de los mismos paquetes, es decir XLConnect, rmarkdown, markdown, sem .. Cuando le pido que los instale, tras seleccionar el repositorio de Madrid, el sistema descarga los paquetes, pero tras unas líneas de instalación aparece repetido este mensaje:

In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file

A continuación, se abre la ventana de RCommander, y todo parece funcionar. ¿No es necesario hacer nada más?


Un saludo.


En respuesta a Manuel Nevado Santos

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Manuel Muñoz Márquez -

Buenas:

Hay algunos paquetes que no están en el repositorio de ubuntu y deben instalarse desde R.

El error que te da es debido a que un usuario sin permiso de administración no puede cambiar los archivos de sistema. Tienes dos opciones, o bien configurar R para que instale los paquetes a nivel de usuario o instalarlos como administrador.
Para instalar un paquete de R, por ejemplo XLConnect, que no esté en el repositorio te recomiendo ejecutar en una consola:
sudo R --vanilla
install.packages('XLConnect')

Si no instalas los paquetes que te pide R-Commander algunas funciones no estarán disponibles.

Un saludo.
En respuesta a Manuel Muñoz Márquez

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Manuel Nevado Santos -
No, pero los errores de instalación no cero me los da usando el sudo R --vanilla. Los paquetes bajan, pero cuando se compilan se producen errores. También he notado que RCommander sólo es capaz de generar gráficas de dispersión cuando entro con sudo. Si lo abro con usuario sin permisos de administrador, al intentar que saque un gráfico de este tipo aparece el mensaje de función model.frame no encontrada. Con otro tipo de gráficas (histogramas,  XY, ...) no pasa. 

Todo tiene pinta de ser un problema de permisos en Ubuntu 16.04.

Un saludo. 

Manuel Nevado. 

En respuesta a Manuel Nevado Santos

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Manuel Nevado Santos -
Parece un problema de permisos, pero persiste con sudo. También he probado a utilizar un terminal de root, sudo gnome-terminal, y ocurre lo mismo, la compilación de esos paquetes da errores. 


Voy a desinstalar todos los paquetes que tengo de R, con purge --remove, voy a borrar manualmente toda carpeta "residual", y voy a empezar desde 0.

Me aconsejáis que empiece por instalar el paquete r-cran-rcmdr desde los repositorios de Canonical, o bien que instale r-base y r-base-dev, y luego entre como sudo R y haga install.packages(Rcmdr)? 

En respuesta a Manuel Nevado Santos

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Manuel Muñoz Márquez -

Buenas:

No creo que empezando de nuevo vaya a obtener otro resultado.

Cuando un paquete está disponible para ubuntu es preferible instalarlo utilizando la versión de ubuntu, pues las dependencias con otros paquetes se incluyen y se instala todo lo necesario. El inconveniente es que la versión de ubuntu suele ser un poco más antigua que la de los repositorios de R.

Cuando un paquete falla en su instalación desde R suele ser debido a que depende de otros paquetes de ubuntu que no están instalados. Al estar haciendo la instalación como administrador no puede ser cosa de permisos.

En mi caso he instalado el paquete sem sin problemas.

La información de los paquetes que se deben instalar suele obtenerse de los mensajes de error. ¿Qué tal si copias tu mensaje de error?

Saludos.


En respuesta a Manuel Muñoz Márquez

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Manuel Nevado Santos -

O.K., gracias. Pongo los mensajes de error, pero antes, decir que mi distribución es Ubuntu 16.04. En otras, no he tenido estos problemas.

Yo entro con:

> sudo R

A continuación, abro Rcmdr:

>library(Rcmdr)

Y aparece una ventana con el siguiente mensaje:

"Faltan los siguientes paquetes que necesita Rcmdr:

XLConnect, sem, rmarkdown, markdown, leaps, knitr, aplpack

Sin estos paquetes algunas funciones no estarán disponibles.

Instalar estos paquetes?"

Pulso el botón de "Sí", y aparece otra ventana, donde me deja elegir repositorio de CRAN. Yo elijo el  de Span Madrid.

Copio y pego aquí todos los mensajes de la ventana de Terminal, desde la llamada a Rcmdr:

library(Rcmdr)
Loading required package: splines
Loading required package: RcmdrMisc
Loading required package: car
Loading required package: sandwich
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
also installing the dependencies ‘coda’, ‘arm’, ‘bitops’, ‘XLConnectJars’, ‘matrixcalc’, ‘mi’, ‘yaml’, ‘htmltools’, ‘caTools’, ‘evaluate’, ‘base64enc’, ‘jsonlite’, ‘mime’, ‘formatR’, ‘highr’

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/coda_0.18-1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 73289 bytes (71 KB)
==================================================
downloaded 71 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/arm_1.8-6.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 77898 bytes (76 KB)
==================================================
downloaded 76 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/bitops_1.0-6.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 8734 bytes
==================================================
downloaded 8734 bytes

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/XLConnectJars_0.2-12.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 13398777 bytes (12.8 MB)
==================================================
downloaded 12.8 MB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/matrixcalc_1.0-3.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 28499 bytes (27 KB)
==================================================
downloaded 27 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/mi_1.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 793313 bytes (774 KB)
==================================================
downloaded 774 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/yaml_2.1.13.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 81045 bytes (79 KB)
==================================================
downloaded 79 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/htmltools_0.3.5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 44048 bytes (43 KB)
==================================================
downloaded 43 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/caTools_1.17.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 63358 bytes (61 KB)
==================================================
downloaded 61 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/evaluate_0.9.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 19165 bytes (18 KB)
==================================================
downloaded 18 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/base64enc_0.1-3.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 7833 bytes
==================================================
downloaded 7833 bytes

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/jsonlite_1.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1057732 bytes (1.0 MB)
==================================================
downloaded 1.0 MB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/mime_0.5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 12634 bytes (12 KB)
==================================================
downloaded 12 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/formatR_1.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 28109 bytes (27 KB)
==================================================
downloaded 27 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/highr_0.6.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 17294 bytes (16 KB)
==================================================
downloaded 16 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/XLConnect_0.2-12.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 5720425 bytes (5.5 MB)
==================================================
downloaded 5.5 MB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/sem_3.1-7.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 154654 bytes (151 KB)
==================================================
downloaded 151 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/rmarkdown_1.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2049183 bytes (2.0 MB)
==================================================
downloaded 2.0 MB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/markdown_0.7.7.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 79427 bytes (77 KB)
==================================================
downloaded 77 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/leaps_2.9.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 26847 bytes (26 KB)
==================================================
downloaded 26 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/knitr_1.14.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1017858 bytes (994 KB)
==================================================
downloaded 994 KB

probando la URL 'https://cran.rediris.es/src/contrib/aplpack_1.3.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3409812 bytes (3.3 MB)

downloaded 23 KB

Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  cannot download all files
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available,  :
  download of package ‘aplpack’ failed
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 142: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
/usr/lib/R/bin/R: línea 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No existe el archivo o el directorio
Error in file(con, "r") : no se puede abrir la conexión
Calls: <Anonymous> -> sub -> grep -> readLines -> file
Además: Warning message:
In file(con, "r") :
  no fue posible abrir el archivo '/usr/lib/R/etc/Makeconf': No existe el archivo o el directorio

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpTnT1KG/downloaded_packages’
>

A continuación, se abre la ventana de Rcmdr. Pero cuando vuelvo a entrar, sea con sudo R o con el acceso directo a Rcmdr como usuario sin permisos de administración, vuelve a aparecer el mensje indicando que faltan paquetes necesarios para Rcmdr.

Un saludo y gracias.

Manuel Nevado.

En respuesta a Manuel Nevado Santos

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Manuel Nevado Santos -

YA ESTÁ.

Se trataba del java. Hacía falta instalar el JDK, y luego hacer "sudo R CMD javareconf".

No era un problema de permisos, sino de las dependencias. Las dependencias de los paquetes relacionados con java no se instalaban, poruqe requerían JDK. Eso era todo. Después de eso, los paquetes que faltaban se bajaron y se compilaron sin problemas.

Un saludo.

Manuel Nevado.

En respuesta a Manuel Nevado Santos

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Manuel Nevado Santos -

Bueno, en realidad, queda un misterio pendiente, que es la razón por la que algunas gráficas, como el diagrama de dispersión, no puede ser generada por Rcmdr como usuario sin permisos de administración. Como "sudo" no hay problema. Pero como usuario normal, R no encuentra la función "model.frame".

Si a alguien se le ocurre alguna idea, será bienvenida.

Un saludo.

Manuel Nevado.

En respuesta a Manuel Nevado Santos

Re: ¿En Ubuntu falta el paquete que necesita Rcmdr: sem ?

de Manuel Muñoz Márquez -

Buenas:

Sigo pensando que no es una cuestión de permisos. Creo que se trata de algún paquete que tienes instalado en tu carpeta de usuario y que R está cargando.

Prueba a ejecutar R --vanilla sin permisos de administración y comprueba si sigue habiendo esa diferencia. Si ahora no hay diferencia busca los paquetes que tengas instalados en modo usuario y borra los que no necesites.

Salvo casos muy especiales, mi opinión es que todos los paquetes deben instalarse en modo administrador, esto es un poco más incómodos, pero evita problemas como éste.

Un saludo.