Hola Verónica:
Has dicho por primera vez que usas Rcmdr. No nos has dicho todavía que sistema operativo usas, ni que opciones del programa, ni nos has mandado el fichero para que probemos...
Con respecto a lo de "eliminar las bases de datos que ya tengo cargadas", los datos se deben cargan cada vez que se inicia R a excepción de los que se hayan guardado en el espacio de trabajo. Para evitar que se carguen busca un fichero con extensión .RData en el directorio de trabajo de R y bórralo.
Saludos.