R en un entorno gráfico puede funcionar de dos maneras, mdi o sdi.
El modo sdi sería el de una ventana única para cada visualización (las múltiples ventanas están separadas) y el modo mdi el de múltiples ventanas dentro de una ventana principal. Se puede elegir el modo de funcionamiento en las preferencias del programa.
Otra cosa. Aunque el sistema gráfico de R no está mal, yo te recomendaría que utilizaras un programa llamado Rstudio. Es un entorno de trabajo con R que permite ver con facilidad las variables, tiene un historial de comandos, trabajar con proyectos y mucho más.
un saludo