Hola María, perdona mi atrevimiento en responder porque soy principiante de principiante en R.
Yo sólo utilizo el paquete (ncdf) y me abre los archivos .nc sin ningún problema utilizando el comando open.ncdf("archivo.nc")
Para la librería (ncdf4) podría ser el comando nc_open("archivo.nc") ?
Aquí tienes las "instrucciones" (no sé como se llama) del paquete: http://cran.r-project.org/web/packages/ncdf4/ncdf4.pdf
Espero haberte ayudado en algo.
Por cierto, qué diferencias hay entre ambos paquetes?