Buenas:
Bajo mi punto de vista lo mejor sería dividir el fichero en tantos como fuese necesarios y ejecutar el que corresponda.
Otra solución más elegante es que el fichero script_auxiliar_1.R contenga las definiciones de las funciones que se ejecutarían desde el programa principal. Podrías crear un único fichero auxiliar con la definición de todas las funciones y, tras cargarlo, llamar a las que corresponda.
Un saludo.