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Estoy realizando un análisis MDS (escalamiento multidimensional) y no tengo ningún problema cuando entro los datos en forma de matriz de distancias (cuadrada).
Sin embargo, en estos momentos estoy trabajando con una matriz inicial de 62 sujetos y 17 variables.
Los comandos que copio abajo pretenden tres análisis (pasos):
1-trasposición de la matriz inicial
2-cálculo de la matriz de distancias (esta matriz la entrega R como triangular!!)
3-análisis MDS + plot correspondiente

El problema con el que me encuentro es que la matriz de distancias que espera R es cuadrada, sin embargo, compruebo que la matriz (d) que calcula el programa y con la que continua sus análisis es triangular. Y eso es lo que entiendo que provoca el problema.

Copio las instrucciones para que pueda entenderse mejor la consulta puntual.


# Análisis MDS Clásico
# A partir de una matriz inicial de datos (sujetos x objetos)
# Indicar el nombre del conjunto de datos a analizar en matrizdatos=

matrizdatos=

# Transposición y Matriz de distancias (euclídeas)
matriztrans <- t(matrizdatos)
d <- dist(matriztrans)

# Análisis MDS, donde k es el número de dimensiones
fit <- cmdscale(d,eig=TRUE, k=2)
fit

# Plot
x <- fit$points[,1]
y <- fit$points[,2]
plot(x, y, xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2",
main="Metric MDS", type="n")
text(x, y, labels = row.names(matrizdatos), cex=.7)

Espero vuestros comentarios,
Saludos,
Joan Calventus