Hola Rubén:
Con respecto a restar dos columna (si no te he entendido mal) es fácil:
> m = diag(3)
> m
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 0 0
[2,] 0 1 0
[3,] 0 0 1
> m[,1]-m[,2]
[1] 1 -1 0
El resultado debería ser una columna, pero R convierte automáticamente cualquier matriz con una fila o una columna a vector.
Si lo quieres hacer con todas las columnas a la vez:
>m[,-3] - m[,-1]
[,1] [,2]
[1,] 1 0
[2,] -1 1
[3,] 0 -1
o equivalente
>m[,c(1,2)]-m[,c(2,3)]
Con respecto a los gráficos layout y lo que te comenté del par hacen la misma función pero usando librerías distintas. Dependiendo del gráfico a dibujar puede ser necesario usar una u otra. Aquí no te puedo ayudar más, sigo sin tener muy claro qué es lo que quieres hacer.
Por último con respecto a la pregunta de moodle, yo también me la he planteado y no he encontrado la forma de hacerlo. Tal vez en la versión 2.0 de moodle sea posible.
Saludos.
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Simplificación de tres bucles anidados y gráfica múltiple
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