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Yo diría que lo que tienes es un problema de consistencia de datos que yo en tu lugar investigaría.

En cualquier caso, supongamos que como dices error es el vector de verdaderos y falsos, que contiene verdadero en los casos que te interesa.

Suponiendo que dat sea un data.frame o una matriz que contiene los datos, entonces: dat[error,], contiene únicamente las filas de dat que te interesan.

Saludos.