Hola,
estás usando el comando incorrectamente. Deberías usar:
R CMD INSTALL mypkg.
Además ten en cuenta, por si no lo habías pensado, que no puedes instalar un paquete que no se haya creado previamente. Para ello tienes que construir un archivo con extensión gz, prueba con el comando:
R CMD BUILD mypkg
Una vez creado, y tras usar el comando R CMD INSTALL mypkg, éste debería instalarse en el directorio de "library" de R para ser utilizado.
Si quieres crear los binarios que se pueden instalar directamente desde la opción del menú principal "Paquetes -> Instalar paquetes desde zip locales" usa:
R CMD BUILD -bin mypkg
Por cierto, para crear paquetes en R en entorno Windows se necesitan además del RTools (que incluye el lenguaje Perl, una serie de implementaciones UNIX en Windows y el compilador gcc, entre otros), un compilador de TeX (MikTeX por ejemplo) y un compilador de ayudas HTML de Windows, los encontrarás en estos enlaces:
http://www.miktex.org/
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms669985%28VS.85%29.aspx
En internet hay numerosos tutoriales para construir paquetes de R en entorno Windows, te recomiendo el de Rossi por su brevedad y claridad:
http://faculty.chicagobooth.edu/peter.rossi/research/bayes%20book/bayesm/making%20r%20packages%20under%20windows.pdf
Espero que te sea de ayuda.
Un saludo,
David.
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crear paquetes R
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