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El código:
***
print("dame el numero de filas")
i<-scan(n=1)
print("dame el numero de columnas")
j<-scan(n=1)
mat <- matrix(0, nrow=i, ncol=j, byrow=TRUE)
for(x in 1:i){
for(y in 1:j){
print("dame los numeros de la matriz")
num<-scan(n=1)
mat[x,y]<-num
}
}
**
Comentarios:
* No puedes acceder a una matriz que no has creado.
* Los índices en el bucle estaban mal.