Estás usando la opción "complete.obs", es decir, usar únicamente los casos completos, si los datos omitidos no coinciden en las diferentes columnas, como es natural, esto hace que dependiendo de las columnas que selecciones se usen unas filas u otras.
Prueba a eliminar previamente todas las filas con datos omitidos y repite.
Saludos.
Prueba a eliminar previamente todas las filas con datos omitidos y repite.
Saludos.