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Perdona, esa entrada no es para tablas de contigencia en general; es para la comparación de dos proporciones.
La comparación de dos proporciones es equivalente a una tabla 2x2, pero el resto de tablas no incluirían la corrección. Y cuando hay valores en las casillas pequeños, la corrección es relevante porque la aproximación de la distribución multinomial de las tablas a la normal empero bastante.
Y ya puestos, en esa entrada que mencionas faltaría el test de probabilidad exacta de Fisher que sí está en la entrada de tablas de contingencia, pero no aquí, que es donde se le podría dar una alternativa unilateral de la que las tablas carecen.

En el libro de Saez-Castillo las tablas de contingencia se inician en la página 132, Entrada 8.2 del capítulo 8.

En el apartado 8.2.2 se puede encontrar el código generado por RCommander:

chisq.test(Tabla,correct=FALSE)

Sin que la opción correct=FALSE pueda ser evitada sin tocar en el código.

Y que por supuesto que para cosas complejas no queda más remedio que hacerlo, pero se supone que R-Commander es para que al menos en las cosas simples no haya que hacerlo.

Al igual que no hay que hacerlo en la comparación de proporciones como bien señalas, porque allí sí está la corrección de continuidad de Yates.

De todos modos, aunque he empezado por señalarlo aquí, creo que este no es lugar adecuado. Me dirigiré directamente a John Fox, a ver si tengo suerte y se aviene a tenerlo en cuenta.