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Estimar correlación entre dos variables continuas con réplicas

Estimar correlación entre dos variables continuas con réplicas

de mario garrido escudero -
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Buenas de nuevo,
quiero estimar la correlación (no el agreement) entre dos variables continuas con réplicas. Por lo que entiendo el agreement es la relación de ambas variables acorde a la linea de identidad (slope=1; intercept=0), yo lo que quiero es algo como Pearson, una simple correlación para variables con medidas repetidas. 
Para dicha correlación estoy intentando usar los métodos de Roy y de Hamlett et al (los papers que le nombro abajo). El problema es que los ejemplos están desarrollados en SAS y me está costando trasladarlo a R.
¿sabéis de algún paquete que desarrolle esos métodos o de algún otro método que esté implementado para R?

Gracias de antemano

"Hamlett, A., Ryan, L., Serrano-Trespalacios, P., & Wolfinger, R. (2003). Mixed models for assessing correlation in the presence of replication. Journal of the Air & Waste Management Association, 53(4), 442-450."

"Roy, A. (2006). Estimating correlation coefficient between two variables with repeated observations using mixed effects model. Biometrical journal, 48(2), 286-301."