Buenas Hugo:
Tu código reduce la longitud del vector alfa.m cada vez que se encuentra un valor mayor que limit, eso hace que el bucle intente ir más allá del último elemento de alfa.m
En R es preferible no usar bucles te propongo dos alternativas:
limit = 100
alfa.m = c(10, 10000, 20, 30, 20)
alfa.m[alfa.m <= limit]
[1] 10 20 30 20
Esta opción suprime del vector los elementos que no verifican la condición.
alfa.m[alfa.m > limit] = NA
alfa.m
[1] 10 NA 20 30 20
Esta segunda opción reemplaza los elementos superiores a limit por NA, que representa un valor ausente.
Saludos.