p2 <- list(mean.of.class = 1:10, correlation = seq(-.5,.5,.1), p = seq(0,1,.1))
Ahora hacemos el plot:
plot(p2$mean.of.class[1:40], p2$correlation[1:40], type="o", pch=16, ylab="I Moran", xlab="Distancia (m)")
A continuación se construye un vector de índices para seleccionar, por ejemplo, los valores de p inferiores a .3
index <- p2$p < .3
Y por último se pintan de rojo sobre la gráfica ya construida
points(p2$mean.of.class[index], p2$correlation[index], type="p", pch=16, col = 'red')
Otra alternativa sería utilizar un vector de colores en el plot que se adaptase para cada punto al color deseado.
Saludos.