La traducción no tan literal es que teniendo en cuenta que R es un sistema multiplataforma y multiidioma se debe especificar el juego de caracteres en el que se escribe, eso se hace con la instrucción
\encoding{latin1} en la cabecera del fichero.En cualquier caso te recomiendo mires la página del proyecto R donde se habla de ello http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.html#Encoding
Saludos