Buenas, Alejandro:
Veo tu entrada por primera vez y, aunque supongo que a estás alturas ya lo habrás resuelto, respondo a tu pregunta pensando en que otras personas puedan tener la misma duda.
Con la versión actual de R-Commander se pueden elegir todas las variables que se quiera sin especificar variable grupo o bien una única variable con una variable grupo.
Otra opción es usar la función Boxplot del paquete car. El siguiente código:library('car')
data(Chile)
Boxplot( ~ age + income + population + statusquo, data=Chile, id=list(method="y"))
produce el gráfico:
Un saludo