En el primer modelo sólo estás metiendo los efectos principales al poner aov(Fitness~Gen+PS....
Mientras que en el segundo modelo, si pones Gen*PS equivale a meter los efectos principales Gen+PS más la interacción entre ambas variables.
Con respecto al TukeyHSD parece que tus variables no son factores, puedes comprobar qué tipo de variables son con class(nombre de variable)..
Saludos
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ANOVA y pruebas posteriores
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