En el primer modelo sólo estás metiendo los efectos principales al poner aov(Fitness~Gen+PS....
Mientras que en el segundo modelo, si pones Gen*PS equivale a meter los efectos principales Gen+PS más la interacción entre ambas variables.
Con respecto al TukeyHSD parece que tus variables no son factores, puedes comprobar qué tipo de variables son con class(nombre de variable)..
Saludos
Foro de debate
ANOVA y pruebas posteriores
This forum has a limit to the number of forum postings you can make in a given time period - this is currently set at 5 posting(s) in 1 day