Yo nunca he hecho una gráfica de este tipo y no se muy bien como quieres hacerla, pero creo que necesitas indicarle algo más del tipo:
>bwplot(x~ y |z)
en esta página hay algunos ejemplos de gráficas con lattice,
http://zoonek2.free.fr/UNIX/48_R/04.html
también te puede ayudar leer la ayuda de R
> ?bwplot
Siento no poder ayudarte más :)
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Como realizar un grafico de cajas por años
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