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Hola,

yo cambiaría los -99.9 por NA (not available o valor 'missing').

Primero creo un data.frame cualquiera en x:

x <- data.frame(cbind( c(1,3,-99.9,5,3,7,5), c(3,5,2,7,4,2,-99.9), c(4,5,3.5, -99.9, -99.9,3,2)))

Se sustituyen todos los valores que sean igual a -99.9 por NAs.

x[x==-99.9] <- NA

luego solo tienes que aplicar el boxplot sobre x. Por defecto la funcion boxplot no tiene en cuenta los NA.

Espero que te valga.

Un saludo,

Franz