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Si lo que quieres hacer es la media para un único valor de día, ya te han dado la solución.

Si lo que quieres es calcular las media para todos los valores de día existe otra solución:
tapply(datos$b, datos$dia, mean)

Esto calcula la media de la variable b del data frame llamado "datos" agrupando según la variable dia del data frame "datos".

Saludos.