Buenas:
Lo que tienes que hacer es un merge, usando una columna para emparejar los registros con el mismo nombre en los dos data.frame:
> a <- data.frame(id=c('A', 'C', 'D'), uno=c(1, 3, 4))
> b <- data.frame(id=c('A', 'B', 'C', 'D'), dos=c(1, 2, 3, 4))
> merge(a, b, all = TRUE, by='id')
id uno dos
1 A 1 1
2 C 3 3
3 D 4 4
4 B NA 2
Un saludo