Hola Francisco:
En windows todo es más complicado, en linux podrías hacer
R -e 'library(rmarkdown); render("fichero.Rmd"'
En windows crea un fichero R que contenga lo siguiente y luego ejecútalo usando Rscript
library(rmarkdown)
render("fichero.Rmd")En el nombre del fichero tienes que poner el camino completo o previamente tienes que cambiar de directorio.
Un saludo.