Buenas:
Pues depende de cómo esté hecha la función, la mayoría son vectoriales, en ese caso se aplican directamente al vector:
a=1:10
> f<-function(x) x^2
> f(a)
[1] 1 4 9 16 25 36 49 64 81 100
En otro caso se puede usar tapply
> tapply(a, 1:length(a), FUN=f)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1 4 9 16 25 36 49 64 81 100
Un saludo.