Estimado para hacer ello me comentaron que necesito declarar en windows la variable y para ello hago los siguientes pasos:
Computer-> clic derecho -> propiedades
Eligo de la parte superior izquierda la opcion Advanced system settings
Luego aparece una ventana emergente donde eligo la pestaña advanced( por defecto esta en dicha pestaña)
Luego voy al ultimo boton Environment variables
En la seccion de variables eligo la opcion path doble clic y aparecera la variable value:C:\app\User\PrivateAssemblies\;C:\Users\compu01\Documents\R\R-2.12.2\bin\i386\Rscript.exe
como veras le estoy dando la direccion de donde se estan el rscript.exe, sin embargo al ir al cmd de windows y escribir c:> Rscript.exe o rscript me sale el mensaje que windows no reconoce dicha variable y por ende no me deja ejecutar ningun proceso R. aparte no te entiendo cuando dices esto "donde ejecutar Rscript con el parámetro del fichero a ejecutar.scs". favor de tratar de ser lo mas detallista posible para poder guiarme y solucionar el problema reportado muchas gracias