Buenas:
Conozco tres opciones:
* Sweave: Mediante este paquete se puede incluir instrucciones de R en un documento LaTeX. El fichero se procesa primero por R y luego por LaTeX. Si ya sabes LaTeX, ésta es la opción que te recomiendo.
* odfWeave: En este caso se insertan instrucciones R en un documento en LibreOffice. Mi experiencia con este paquete es que hace una mala gestión de los errores y a veces es muy difícil encontrar los errores en el código.
* Markdown: Es la opción que está creciendo en popularidad últimamente y es la que apoya oficialmente el proyecto R. La documentación nueva se hace usando Markdown. No tengo experiencia con este paquete. Si utilizas RStudio, los documentos R Markdown se pueden editar desde él.
Un saludo.