Buenas:
La instrucción devuelve TRUE si en la fila i de my.data existe algún valor negativo. El resultado de comparar un vector con un número es un vector de valores lógicos, por lo que si no se usase min el resultado sería un vector y no un único valor.
Ejemplo:
> x <- -5:5
> x
[1] -5 -4 -3 -2 -1 0 1 2 3 4 5
> x < 0
[1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
> min(x) < 0
[1] TRUE
Un saludo.