Buenas:
Con la poca información que das es muy difícil ayudarte.
Algunas preguntas que creo nos pueden poner en la pista:
- El cuadro de mandos ¿es una aplicación shiny con interfaz estándar?
- ¿Está corriendo en local o en servidor?
- Si está corriendo en servidor ¿qué sistema operativo tiene?
- ¿Está configurado el sistema operativo para usar utf8 por defecto?
Un saludo