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P-value de clusters con pvclust()

 
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P-value de clusters con pvclust()
de Fernando Archuby - viernes, 7 de junio de 2019, 19:41
 

Buenas tardes.

Estoy analizando datos de conteos de especies por muestra (paleontología, pero es similar a un estudio de comunidades actules). Mi matriz consiste en 112 muestras y 113 especies. Probé diferentes estrategias para armar clusters con significado (paleo) biológico. Las dos opciones que me quedé son la distancia Chord y Bray-Curtis (sobre el log x+1 de las proporciones), en los dos casos con UPGMA. Bien, me encontré con un problema al querer evaluar la relevancia de los clusters con el paquete pvclust(), que hace un remuestreo con diferentes tamaños muestrales y calcula una especie de probabilidad de significación de cada cluster (nodo). Bien, pude hacerlo, siguiendo instrucciones de Borcard et al (2018) para el caso de Chord pero no Bray-Curtis. No me doy cuenta de cómo especificar el método de cálculo de la matriz de distancia (disimilitud)... Díganme qué otra info puedo darles para ampliar. Y muchas gracias!

http://127.0.0.1:30722/library/pvclust/html/pvclust.html

Borcard, D., Gillet, F., & Legendre, P. (2018). Numerical Ecology with R. https://doi.org/10.1007/978-3-319-71404-2

Saludos,

Fernando.