Buenos días:
Puedes utilizar la instrucción by. A continuación un ejemplo que puedes adaptar a tus datos:
> library('car')
> data('Chile')
> summary(Chile$sex)
F M
1379 1321
> by(Chile[, "income"], Chile$sex, mean, na.rm=TRUE)
Chile$sex: F
[1] 32041.01
------------------------------------------------------------
Chile$sex: M
[1] 35791.44Un saludo