Buenas:
Si V1 es un vector compuesto por 0 y 1, entonces i en el bucle es 0 o 1, y por tanto, estás intentando acceder a X[0,1] y a X[1,1], el primero de los cuales no existe y por eso dice que el resultado X[i,1]==valor tiene longitud 0.
Si lo que quieres es recorrer la columna 1 de X entonces el for debe ser
for(i in 1:nrow(X))
Un saludo.