Existen varios métodos alternativos para la instalación de paquetes de R en entornos tipo GNU/Linux, en función del paquete a instalar pueden no estar disponibles todos los métodos.

Utilizando el gestor de paquetes de la distribución en uso (synaptic o apt en debian, ubuntu o guadalinex) se procederá a localizar e instalar el paquete deseado (en caso de estar disponible). Si el paquete no estuviese disponible en el repositorio de su distribución pruebe el siguiente método.

En primer lugar proceda a iniciar R con privilegios de administrador, para ello en una consola de instrucciones teclee:

 sudo R

Introduzca su contraseña de administrador y teclee:

 install.packages()

para seleccionar un paquete de una lista o bien

 install.packages('nombre')

si conoce el nombre del paquete a instalar.

Este método es aconsejable si utiliza un ordenador en el que no tiene privilegios de administrador y tampoco puede solicitar la instalación de software.

También se aconseja este método si desarrolla paquetes para R y desea probarlos sin instalarlos a nivel de sistema.

En primer lugar es necesario preparar R para que admita este tipo de instalación, para ello al fichero .Renviron del directorio raíz de usuario se le añada la línea:

 R_LIBS_USER="~/R/library"

En caso de que el fichero no exista debe crearse conteniendo dicha línea.

En caso de que no exista deben crearse las carpetas especificadas:

 cd
 mkdir R
 mkdir R/library

Esto permite la instalación en la carpeta especificada de los paquetes deseados usando una de la instrucción:

 R CMD INSTALL nombre_paquete