Hola, muchas gracias por la ayuda, esto es exactamente lo que andaba buscando, lo que me pasaba es que no caía en usar una secuencia. En cuanto a la vectorización, ya me han comentado que es más eficiente pero no se muy bien como usarla en este caso. En el siguiente código, por ejemplo, se podría eliminar el bucle como indico a continuación?:
for (j in 1:M) {
for (k in 1:s){
t12[j,k]=t.test(xx1[,k],xx2[,k],var.equal=T)$statistic}
}
for (j in 1:M) {
t12[j,1:s]=t.test(xx1[,1:s],xx2[,1:s],var.equal=T)$statistic
}
Saludos.