Si fijas la semilla repitiendo el código 200 veces obtendrás 200 veces lo mismo. Y no creo que sea eso lo que pretendes.
Supongamos que construyes una función que devuelve un vector de 50 elementos (distintos cada vez). Pongamos:
f = function()
{
x<-numeric(50)
semilla<-27218
x[1]=(171*semilla)%%30269
for(i in 2:50){x[i]=(171*x[i-1])%%30269}
NumerosAleatorios<-(x/30269)
NumerosAleatorios
}semilla<-27218
x[1]=(171*semilla)%%30269
for(i in 2:50){x[i]=(171*x[i-1])%%30269}
NumerosAleatorios<-(x/30269)
NumerosAleatorios
Entonces lo que pretendes se podría hacer
m <- matrix(nrow=50, ncol=200)
for (i in 1:200) m[,i] = f()
Otra opción es que la función devuelva un vector con el tamaño total y convertirlo luego a matriz.
Saludos