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Puedes usar la siguiente sintaxis:

cargas la librería stringr:

library(stringr)

x <- 'LABEL=BONIAT-3, CellIndex=53, CGI=3680100DD001B'

# Lo primero que se tiene que hacer es usar str_split.

str_split(x, ",")

# convierto todo a vector. 

vector_p<-unlist(str_split(x, ","))

# Ahora genero la expresión regular para quedarme con BONIAT-3.

vector_p<-str_replace(vector_p, ".*=", "")

vector_p[1]