Buenas:
Creo que lo que necesitas es la función intersect:
> set.seed(0)
> x <- sample(c('a', 'b', 'c'), 10, replace = TRUE)
> x
[1] "c" "a" "b" "b" "c" "a" "c" "c" "b" "b"
> y <- sample(c('a', 'b', 'd'), 10, replace = TRUE)
> y
[1] "a" "a" "a" "d" "b" "d" "b" "d" "d" "b"
> intersect(x, y)
[1] "a" "b"
Si no es esto, pon un fragmento del conjunto de datos que tienes.
Un saludo.
Muchas gracias por su respuesta, creo que set.seed solo es válido con números (estoy aprendiendo, puede ser que esté equivocada, la repuesta que me devuelve es : supplied seed is not a valid integer) mi tabla solo contiene nombres, no sé si tendría que codificar los nombres, para que no sea tan pesado escribir, son 189 especies que quiero comparar en 8 grupos diferentes. He enlazado un archivo con la tabla de datos por si quiere verlos.
Muchísimas gracias por su ayuda!
Buenas:
La línea set.seed es para construir los datos de ejemplo y no debe incluirse en el tuyo.
No veo ningún enlace a ningún fichero en el mensaje que has enviado.
Un saludo.