Buenos dias,
Tengo algunas dudas conceptuales sobre la comprensión del significado de algunos factores aleatorios.
En pocas palabras, estoy analizando la dinámica de infección bacteriana en individuos de 3 especies diferentes de hospedadores. Estoy tratando de ajustar mis datos a un modelo lineal generalizado con medidas repetidas. Mis datos consisten en la cantidad de colonias bacterianas (Myc.qPCR) en diferentes momentos del ciclo (day) en la sangre de los 33 hospedadores individuales (exp.ID), que pertenecen a 3 especies diferentes (sp). En el momento cero, todos los valores son 0 porque los individuos todavía no estaban infectados.
Quiero comprobar si son diferentes las dinámicas en las tres especies, por ello inclui en el modelo day*sp como factor fijo
Estoy tratando de ajustar el efecto aleatorio pero tengo algunos problemas con la interpretación. ¿Alguna recomendación de lectura para ecologos que no somos expertos en estadísticas para comprender el significado ecológico de los efectos aleatorios?
Estoy seguro de que quiero controlar la variación a nivel individual, por lo que se necesita exp.ID, también quiero forzar que la intersección sea cero (ya que la cantidad de bacterias en el día cero es cero), y también me pregunto Si tengo que anidar los individuos dentro de un día.
Así, mi modelo sería
lme(lg(Myc.qPCR)~day*sp,random=?,method="ML")
Y tengo dudas sobre cómo definir mi efecto aleatorio, porque, de hecho, no sé cuál es el significado exacto de ellos bajo lme4. Entiendo que como tengo un modelo de efectos mixtos con pseudo-replicación temporal, debería usar día en el factor aleatorio, pero ¿cómo incluir esa intercepción es cero?
estas son mis opciones
(1|exp.ID)
(day|exp.ID)
(0+day|exp.ID)
+(1|exp.ID)+(0+day|exp.ID)
Gracias